Kebun Qur’an Al Mawaddah merupakan salah satu wahana yang terdapat di pondok pesantren enterprenenur Al  Mawaddah Kudus. Dinamakan Kebun Qur’an karena di dalamnya terdapat tanaman dan buah-buahan yang disebutkan di dalam Al Qur’an. Diantaranya yakni; kurma, anggur, delima, zaitun, pisang dan pohon bidara. Dalam proses pengenalan buah melalui kebun Qur’an juga dijelaskan manfaat dari setiap tanaman dan buah-buahn yang terdapat di dalam Al Qur'an, seperti halnya pohon bidara. Pohon bidara merupakan salah satu pohon yang diberkahi oleh Allah karena diantara beberapa manfaatnya adalah dapat mengusir jin.

Pembelajaran yang diterapkan di kebun Qur’an Al Mawaddah adalah pembelajaran di lingkungan alam atau alam terbuka. Belajar di alam terbuka akan lebih menyenangkan dan membuahkan hasil yang maksimal. Anak akan lebih cepat memahami lingkungan sekitar dan anak tidak akan merasa jenuh ketika belajar. Masa anak-anak adalah masa golden age. Untuk memanfaatkan masa tersebut maka harus memanfaatkan lingkungan alam, karena alam menjadi media terbaik untuk mendukung kecerdasan anak. Suasana yang diberikan melalui media alam menjadikan anak dapat berinteraksi langsung dengan alam. Sehingga selain menambah wawasan, belajar melalui alam menjadi sesuatu yang menyenangkan bagi anak.